自5月8日以来，江西遭遇今年第三轮强降雨袭击，导致昌栗高速公路沿线赣江支流锦江水位上涨幅度较大，给昌栗高速公路建设带来了巨大的挑战，昌栗项目办多措并举积极做好防汛工作部署，确保安全度汛。
强化组织领导，提前启动预警机制。认真落实防汛责任，积极组织开展隐患排查整改，强化特殊天气、危险地段、工程关键部位的安全检查和人员值守，做好各项防汛准备。落实以驻地、项目经理负责制为核心的防汛责任制，成立防汛领导小组34个，组建防汛抢险突击队，充实成员近千人。坚持领导干部24小时带班制，在预报预警、接警处警等环节落实应急联动机制，密切跟踪暴雨、雷电等灾害天气过程，密切关注洪水、泥石流、山体滑坡等重大灾害灾情变化，密切重视野外作业队伍的防护物品配置是否齐备。
编制防汛预案，提高应急响应效率。按照省厅“安全投入到位，安全培训到位，基础管理到位，应急救援到位”的要求，各参建单位进一步修订、完善防洪抢险应急预案34份，及时组织员工进行安全生产培训，要求在汛期来临的前中后对管辖段的河道、水库、塘坝、涝洼地、钢筋砼通道基坑积水现象等进行全面排查，安排专项资金购置防汛物资，力求做到环保实用、预警及时、响应迅速、救援有效和保障有力。据不完全统计，全线储备沙袋近三万个，救生衣近千件，雨具近千套。各单位根据自身情况，合理调配救援物资，将抽水泵、绳索、铁丝、照明设备、急救箱、担架、铁锹、救生圈等各类其它防护用品购置到位。5月9日上午，A3标大禾大桥、古楼铺分离立交等桥等区域(高安境内)出现雨水倒漫农田的险情后，昌栗高速公路项目办A段管理部和A3标项目经理部组织人员采用沙袋筑堤的形式加高了农田堤坝，经过3个多小时的连续奋战，顺利度过今年入夏以来的第一次防汛考验。
组织安全排查，群防群控保障有力。各参建单位建立专业防汛抢险队伍和群众防汛抢险队伍相结合的应急抢险体系。开展灾害、事故的应急知识和自救互救技能教育培训工作，提高管理人员和参建人员的应急知识、素质和能力。进入5月以来，各参建单位就汛期安全工作已组织专项排查近40次，抢修水毁临建、修复被破坏的供电线路、拌和站、便道和宿舍等设施20余处，及时制止雨中大体积砼施工和河道类作业，转移受浸地区人员及物资，在滑坡土体中加做树枝状渗沟，及时清理和疏通小桥、涵洞、水渠，增加防冲刷淘底的铺砌工程以及修复路基高边坡隐患等，排除各类险情计46次，筑牢了安全防护线。